PlexCrypt bảo vệ dữ liệu và folder dựa vào 2 phương pháp mã hóa không đồng bộ dựa vào Public-Key-Infrastructure (PKI) và mã hóa đồng bộ dựa vào mật khẩu. Mã hóa sử dụng thuật toán bảo mật như AES, Blowfish,CAST, DES, ElGamal, IDEA, IES, RC4, RC6, RSA, Rijndael,Serpent Skipjack, Twofish,…

Phần mềm này cho phép người dùng tự động mã hóa nhiều file và folder. PlexCrypt cho phép người dùng khả năng ký vào dữ liệu và folder và sử dụng chữ ký đó để xác nhận dữ liệu gốc không độc hại hoặc bị xóa. Phần mềm này có thể tạo các file tự giải mã, có thể truyền giữa các người dùng khác nhau và có thể tự giải mã mà không cần cài đặt PlexCrypt. Bên cạnh đó, PlexCrypt cũng có thể chia nhỏ hoặc xóa dữ liệu rất an toàn. Phần mềm này hỗ trợ các thuật toán mã hóa MD5WithRSAEncryption, SHA1WithRSA/ISO9796-2, MD2WithRSAEncryption, RIPEMD160WithRSAEncryption, SHA1WithRSAEncryption, RIPEMD160WithRSAEncryption, MD5WithRSA/ISO9796-2 RIPEMD160WithRSA/ISO9796-2, RIPEMD160WithRSA/ISO9796-2 cho chữ ký điện tử. Không chỉ vậy, PlexCrypt cũng cho phép người dùng lưu trữ một tập hợp các file và folder theo định dạng ZIP và trích xuất chúng sau đó. Phần mềm này cũng có thể tạo và quản lý chứng chỉ kỹ thuật số dành cho mã hóa và chữ ký điện tử.